50090系は2008年6月、東上線の座席定員制列車「TJライナー」用に導入されました。これまでの50000系列に準じていますが、クロスシートとロングシートとに転換できるマルチシートを装備した点が大きな特徴です。クロスシートは「TJライナー」、及び池袋へ送り込み列車となる快速急行、折り返し普通列車(小川町 - 森林公園間)で使用され、それ以外はロングシートとなります。