かねてから「有明」にも使用されていた787系でしたが、1999年3月の改正では「有明」用編成(4連 2M2T)が登場しました。クハ787形6両とクロハ787形6両を追加製造し、「つばめ」編成から捻出した中間車と組み合わせています。また2000年には「つばめ」の短編成化により余剰となっていたサハ787形100番台を先頭車改造したクハ787形100番台も加わりました。2003年には「つばめ」用6連が「有明」用に転用されています。これら「有明」編成は、ARIAKEのロゴが配された塗装に改められています。なおBm編成のBとは787系、mは南福岡電車区配属であることを表します。