JR北海道789系1000番台は、
781系を置き換えるべく2007年にデビューしました。
主に札幌～旭川で運転される特急「スーパーカムイ」、札幌～新千歳空港の快速「エアポート」に用いられます。
基本は0番台と同様ですが、常時5連で運用されることから中間車の簡易運転台はなく、先頭車前頭部の貫通扉も廃止されています。
また普通車のみの編成でありグリーン車は連結されません。
ただ4号車となるモハ789形は、指定席「uシート」車となっており、客室窓を座席に合わせた小窓となっています。
足回りについても、制御方式・台車は0番台と同一仕様ですが、こちらは「MTユニット」を採用。T車であるサハ788形にシングルアーム型パンタグラフと主変圧器を装備し、両隣のM車モハ789形に電力を供給するシステムとなっています。MT比は2M3Tですが、3M2Tの785系と同等の走行性能を有します。
