1000番台は2015年製、B1001~1004(3連×4)の12両。新函館北斗-函館で「はこだてライナー」として3連または3連×2で運行されています。電動機は731系と同系列のN-MT731A(230kW:max130km/h)。制御方式もVVVFインバータ制御(IGBT)です。見た目も同じに見えるロングシート車ですが幅は10cmほど広くなっています。台車は(N-DT733・N-TR733)となりました。床面を低くするために車輪径を860→810mmと小さくしたためです。別系列となったのはここがポイントと思われます。