1000番台は2015年製、B1001～1004（3連×4）の12両。
新函館北斗－函館で「はこだてライナー」として3連または3連×2で運行されています。
電動機は731系と同系列のN-MT731A（230kW：max130km/h）。
制御方式もVVVFインバータ制御（IGBT)です。
見た目も同じに見えるロングシート車ですが幅は10cmほど広くなっています。
台車は（N-DT733・N-TR733）となりました。
床面を低くするために車輪径を860→810mmと小さくしたためです。
別系列となったのはここがポイントと思われます。
