1993.94年に増備された1000番台はVVVFインバータ制御となり モータはN-MT785A（215kw）と強力です。
よって1M方式に変更され1M2Tの3連×9でスタートしました。別系列にしてもいいくらいです。
2003年には快速エアポート用に6連化されます。この時大量に中間車が新製されます。
③④号車にサハ721形を新製して組み込んだのが4100+4200番台。
先頭車のクハ721形以外の②～⑤号車を新製したのが5100+5200番台となります。
3連で残ったのはF1009編成のみです。
F5001編成も3連ですがこれはF1006編成の②号車を新造車に入れ換えたものです。
これらを含めると2003年まで10年の長きにわたって製造されたことになります。
