E6系はE5系と併結して東北新幹線内320km/h運転を可能とする秋田新幹線用の新型車両です。最高速度360km/hで営業運転することを目標とした試験車「FASTECH 360」(E954形・E955形)のデータを元に最高速度を320km/hとしました。量産先行車であるS12(→Z1)編成は2010年7月にデビューしています。
E6系は2012年度末にまず300km/hで営業運転を開始し、2014年3月に320km/h運転を開始しました。「こまち」をすべてE6系にすることにより東京-秋田間の所要時間はすべて3時間台。最速では3時間37分となりました。