JR東日本E3系0番台は、1997年3月、秋田新幹線「こまち」用として5両編成でデビューしました。
在来線である田沢湖線も走行するため、アルミ合金製の車体は長さ20M・幅2,95Mと在来線の規格に合わせて、一回り小形に作られています。
なお新幹線駅では収納式のステップを使用します。
1998年に増結付随車E328形(14号車)が登場して現行の6両編成となりました。
ちなみにR1~R16(14号車を除く)は、2010年3月まで秋田新幹線車両保有(株)の車両でした。
6両編成26本(156両)が秋田車両センターに配置されました。
最高速度は在来線区間が130km/h、新幹線区間が275km/hになっています。
東北新幹線区間では、東京よりすなわち11号車にE2系J編成、E5系U編成を連結しました。
E3系は2014年3月、「こまち」としての営業を終えました。
なおR25.26 編成は2015年、1000番台に改造、L54.55 となり山形新幹線として再デビューしました。