ＪＲ東日本E3系1000番台は、 1999年12月、山形新幹線新庄延伸に伴い、2本（L51.52編成）が新造されました。 400系とは違い、アルミ合金製の車体ですが、 大きさは長さ20,000mm・幅2,950mmと 在来線規格に合わせています。 2005年8月に追加されたL53編成では VVVFインバータ制御装置の素子がIGBTに変更されました。 なお最高速度は在来線区間では130km/hですが、 新幹線区間では400系と同じ240km/hとなっています。 7両編成3本（21両）が山形車両センターに配置されています。
JR東日本 E3系1000番台 新幹線 L51編成 7連 山形車両センター
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E311_1001-E326_1001-E329_1001-E326_1101-E328_1001-E325_1001-E322_1001
M1sc--M2---T1---M2--T2---M1--M2c 1999.8製
参考：JR電車編成表08年夏版 撮影2007.8
JR東日本 E3系1000番台 新幹線 L51編成 7連 山形車両センター
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M1sc--M2---T1---M2--T2---M1--M2c 1999.8製
参考：JR電車編成表08年夏版 撮影2007.8
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M1sc--M2---T1---M2--T2---M1--M2c 1999.8製
参考：JR電車編成表08年夏版 撮影2007.8
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M1sc--M2---T1---M2--T2---M1--M2c 1999.8製
参考：JR電車編成表08年夏版 撮影2007.8
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M1sc--M2---T1---M2--T2---M1--M2c 1999.8製
参考：JR電車編成表08年夏版 撮影2007.8
JR東日本 E3系1000番台 新幹線 L51編成 7連 山形車両センター
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M1sc--M2---T1---M2--T2---M1--M2c 1999.8製
参考：JR電車編成表08年夏版 撮影2007.8
JR東日本 E3系1000番台 新幹線 L51編成 7連 山形車両センター
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M1sc--M2---T1---M2--T2---M1--M2c 1999.8製
参考：JR電車編成表08年夏版 撮影2007.8
