209系3000番台は八高線八王子－高麗川間が電化された1996年に4連×4本（61～64編成）が川越電車区に配置されました。
客用扉が半自動（ドアスイッチを設置）となっている点以外は、0番台と同一のスペックです。
2018年から廃車が始まり2020年に姿を消しました。
209系3100番台は八高線、川越線用として2005年にデビューしました。
ただし71編成の中間車ユニット（モハ209-3101＝モハ208-3101）はＪＲ東日本が用意した新車ですが、先頭車は、もと東京臨海高速鉄道（TWR）70-000形。つまりJR東日本の車両ではないのです。
そして72編成に至っては、4両全てがもと東京臨海高速鉄道（TWR）70-000形。
天下のJR東日本が、国鉄ではない他社で使われた中古の鉄道車両を所有していたのです。
こちらも2021年度末に姿を消すことになりました。（川越電車区は2004.6 川越車両センターに改称）
