かねてから南武線でも209系が2編成配属されていました。ただ1993年配置の01編成が空気式ドアエンジンであるのに対し1997年配置の32編成は電気式ドアエンジン車と混在する状態となっていました。
そこで電気式に統一するため配置されたのが2200番台(51編成)です。
房総各線用の2100番台と同様、VVVFインバータ装置がGTOからIGBTを用いたものに更新され、ブレーキ制御装置や制御伝送装置、戸閉制御装置など主要機器についても更新されています。外見上も行先表示器がLED化され区別ができます。2009年6月より営業運転を開始した2200番台は,その後2編成が追加され、2014年現在、中原電車区に6連×3本=18両が在籍します。なお南武線の209系は2012年にすべてシングルアームパンタに換装されています。