209系2000番台は2009年10月から運行開始しています。京浜東北線でお払い箱になった０番台を改造したものです。
2000番台の特色は、先頭車の座席をセミクロスシートに改造し、強化型スカートを取り付け、2号車(モハ208）にトイレが設置されるなど近郊形電車の仕様となったことでしょう。その他、VVVFインバータの制御素子もGTOからIGBTに交換するなど主要機器更新も行われています。
大がかりな改造のため、いったん東北地方などに疎開させ少しずつ工事をすすめています。2010年10月現在、2000番台は12両それもクハだけで 他の116両は2100番台です。ちなみのその違いはドアエンジンの方式で、空気式ドアエンジン装備車（種車が2次車以前）が2000番台、電気式ドアエンジン装備車は2100番台（種車が3次車以降）と区分されています。
